Οικογενειακές σχέσεις, απώλεια, πόνος, ίντριγκες και αντιπαλότητες μιας μικρής κοινωνίας, σασπένς, αλλά και το έντονο μεταφυσικό στοιχείο κάνουν τα Σκοτεινά βάθη ένα πολύ δυνατό θρίλερ. Ο Μάρτιν, η σύζυγός του Αλεξάντρα και τα δυο μικρά παιδιά τους έχουν μόλις μετακομίσει στο παλιό παραλιακό σπίτι της οικογένειας σε ένα απομονωμένο νησί στις δυτικές ακτές της Σουηδίας. Στις 11 Ιανουαρίου ο Μάρτιν ετοιμάζεται να πάει με τον γιο του τον Άνταμ στην παραλία. Η προσοχή του αποσπάται για λίγο και ο Άνταμ χάνεται. Όταν κατεβαίνει πανικόβλητος στην παραλία σε αναζήτηση του γιου του βρίσκει μόνο το κόκκινο κουβαδάκι του να επιπλέει στη θάλασσα. Η αστυνομία καταλήγει ότι ο Άνταμ πνίγηκε και κλείνει την υπόθεση. Ο Μάρτιν βασανίζεται από τύψεις, πέφτει σε κατάθλιψη, αποξενώνεται όλο και περισσότερο από την οικογένειά του αλλά είναι αποφασισμένος να ανακαλύψει το μυστήριο που κρύβεται στα βάθη της θάλασσας και να μάθει τι απέγινε ο γιος του.