Το αόρατο νήµα που συνδέει τις υποκλοπές, τη διπλωµατία των αγωγών, το φυσικό αέριο, τις φονικές πυρκαγιές του 2007, τις απειλές κατά του πρώην πρωθυπουργού, το βέτο στο Βουκουρέστι, το Βατοπέδι και τον Δεκέµβρη του 2008 ξετυλίγεται για πρώτη φορά µέσα από πλήθος ντοκουµέντων και νοµικών κειµένων, φωτίζοντας τους πραγµατικούς πρωταγωνιστές αλλά και κάθε µορφής επιδιώξεις στη διάρκεια της διακυβέρνησης του Κώστα Καραµανλή. Οι Απόρρητοι Φάκελοι Καραµανλή επιχειρούν µια δεύτερη ανάγνωση στους καθοριστικούς σταθµούς της διακυβέρνησης 2004-2009, αποτυπώνοντας συγκλίνουσες και αποκλίνουσες στρατηγικές, στάσεις και αντιστάσεις εγχώριων και µη πολιτικών δυνάµεων, στόχους και προοπτικές για την Ελλάδα και την Ευρώπη, τοποθετώντας στο επίκεντρο της ανάγνωσης τον νέο ενεργειακό χάρτη και την αναδιανοµή των φυσικών πόρων στην ευρωρωσική ζώνη και στην Ανατολική Μεσόγειο. Άγνωστα ντοκουµέντα, µαρτυρικές καταθέσεις, νοµικά και διπλωµατικά κείµενα έρχονται για πρώτη φορά στο φως, συνθέτοντας το ψηφιδωτό της διακυβέρνησης Καραµανλή, µιας περιόδου που «σφράγισε» την ελληνική πολιτική στις αρχές του 21ου αιώνα. Πρόσωπα, δυνάµεις, θεσµικά και µη κέντρα αναδύονται µέσα από µια συγκλονιστική αφήγηση, η οποία φωτίζει τις αθέατες πτυχές της κυβερνητικής περιόδου του Κώστα Καραµανλή, αποκαλύπτοντας τις αιτιώδεις σχέσεις και τα ισχυρά κίνητρα για την επιταχυνόµενη αποδροµή της.