Στη νοτιοδυτική πτέρυγα του Παλατιού του Μεγάλου Μαγίστρου οργανώθηκε το Μεσαιωνικό Μουσείο της Ρόδου, που θεωρείται πρότυπο έκθεσης για όλο τον ελλαδικό χώρο, διότι με τα υλικά κατάλοιπα της ιστορίας των Ροδίων από τον 4ο αι. μ.Χ. έως το 1522.