Το πλέον σημαντικό και ενδιαφέρον από τα έργα που συνέγραψε ο λόγιος πατριάρχης είναι η «Βιβλιοθήκη», συλλογή περιλήψεων-σημειώσεων από βιβλία του εθνικού και χριστιανικού παρελθόντος. Οι περιλήψεις αυτές φέρονται να γράφτηκαν για έναν και μόνο αποδέκτη σε κλίμα συγκινησιακά φορτισμένο. Προσφέρονται στον Ταράσιο, τον αγαπημένο αδελφό του Φωτίου, ως χαριστήριο ενθύμιο λίγο πριν από το διπλωματικό ταξίδι του συγγραφέα στους Ασσυρίους. Αυτά τονίζονται στην επιστολή που παρατίθεται εισαγωγικά στο έργο και επαναλαμβάνονται σε έναν βαθμό στις καταληκτικές γραμμές, που πάλι απευθύνονται στο ίδιο πρόσωπο. Ό,τι παρεμβάλλεται είναι σημειώματα βιβλιογραφίας, βιβλιοκριτικής, βιογραφίας ή ανθολόγησης κειμένων. Παρά τον εσωστρεφή και προσωπικό της χαρακτήρα, η «Βιβλιοθήκη», όπως φαίνεται, γνώρισε ευρεία διάδοση. Αυτό τουλάχιστον δείχνει ο αριθμός των 25 χειρογράφων στα οποία έχει διασωθεί μέχρι τις μέρες μας. Στον αριθμό αυτόν μπορούν να προστεθούν και εκείνα που περικλείουν μόνο αποσπάσματα από το εκτενές αυτό έργο. Δύο, ωστόσο, χειρόγραφα που σήμερα απόκεινται στη Μαρκιανή Βιβλιοθήκη της Βενετίας, ο «Marcianus graecus 450» του Ι' και ο «Marcianus graecus 451» του ΙΒ' αιώνα, θεωρήθηκαν από τη σχετική φιλολογική έρευνα ως τα βασικά και κύρια τεκμήρια για την κριτική αποκατάσταση του κειμένου.